Для того чтобы создать резервную копию, перейдите на Ваш сервер Minecraft, выбрав Instance -> Manage:

Затем выберите Backups:

Имейте в виду, что для того, чтобы после восстановления резервной копии изменения вступили в силу, необходимо перезапустить сервер Minecraft.